La Universidad Europea y el Hospital Universitario Infanta Sofía disfrutan de un convenio desde 2014 en virtud del cual ambas instituciones colaboran a través de varias actividades relacionadas con la formación y la investigación.
La colaboración se traduce, entre otros aspectos, en la existencia de profesorado en la Universidad proveniente del centro asistencial, la promoción de la investigación universitaria (coordinando las actividades de la Universidad con las de los centros asistenciales, en favor de la mejora constante de la atención sanitaria) y la realización de formación teórico-práctica clínica por parte de los estudiantes del Grado en Medicina de la Universidad Europea.
Ahora el Hospital Universitario Infanta Sofía y el Hospital Universitario del Henares se han unido para crear la Fundación para la Investigación e Innovación Biomédica del Infanta Sofía-Henares. Esta unión permitirá crear espacios de investigación en el entorno de los distintos servicios sanitarios de ambos centros, fomentando así el trabajo conjunto y aunando sinergias ya existentes, algo de lo que también se beneficiará la Universidad Europea debido al convenio que ya mantiene con uno de los hospitales.